Zakrystia została wybudowana w latach 1649–1651 z przeznaczeniem na skarbiec. Tę funkcję pełniła jednak bardzo krótko. Zbudowana na planie prostokąta rozciągniętego wzdłuż osi wschód-zachód. Sklepienie beczkowe z lunetami zdobią freski Karola Dankwarta datowane na koniec XVII wieku i przedstawiają sceny biblijne - głównie ze Starego Testamentu. W lunetach umieszczono siedem dużych XVII wiecznych obrazów przedstawiających życie pustelników. Wyposażenie zakrystii stanowią ustawione wzdłuż ścian komody. Meble pochodzą z XVII wieku, zdobione są dodatkowo dziewięcioma obrazami autorstwa Krzysztofa Fokelskiego a przedstawiającymi rolę Anioła Stróża w życiu człowieka. Na wprost wejścia – na ścianie wschodniej, znajduje się ołtarz z obrazem Ukrzyżowanego Chrystusa, a pod nim figura św. Wacława.